me indexará bien el site?

Exactamente, tenes que trabajar con paginas enteras, si bien utilizar iframes era un buen recurso para hace unos años cuando no estaban extendidas entre los desarrolladores herramientas como css, lenguajes de servidor o editores como dreamweaver. Ahora lo que te conviene hacer es usar esas herramientas, si tenes conocimientos en programacion y diseño(aunque sean basicos) te conviene usar hojas de estilo para mantener los colores e imagenes y evitar cargar varias veces el mismo contenido y utilizar archivos en php, jsp o asp para incluir las secciones comunes. Si no tenes tantos conocimiento o posibilidades en tu servidor podes usar un editor como por ejemplo dreamweaver para crear plantillas de paginas, en donde solo editas una parte de cada pagina y cuando queres cambiar las secciones comunes lo haces desde la plantilla y este cambio se actualiza automaticamente en el resto de tus webs.
El uso de frames para este tipo de cosas no es bueno por que los buscadores, principalmente google, ven mucho mas peso en tus webs internas que en una que solo posee definiciones de marcos. Entonces la tendencia es a mostrar las webs por separado con lo cual perdes la sinergia de tener todos los contenidos juntos, osea: mala visualizacion y pobres resultados seo.
Que buena respuesta, jaja.

Cha gracia chango! me imaginé que era algo así... es que soy medio burro en ésto... bueh! iré a estudiar un poco jejeje
Se agradece!

Frata.