Duda Instalando Linux

Buenas gente, tengo una duda y no quiero meter la pata antes de instalar el Linux al pepe hehe.
La cosa es asi, yo tengo un HD de 40Gb IBM en un 5EHM, este mother lo detecta segun el bios como de 33Gb, sino se tilda, para poder usarlo en Guindous/DOS y que tenga 40Gb tuve que instalar un prg que me baje de la page de IBM llamado DiskManager2000, y este al bootear la PC aparece un cartelito azul y luego el guindous, ahora si yo quiero instalar el Linux ( Mandrake 8 ) cuando lo vaya a instalar..
1) No tendre drama para instalarlo? porque el HD la maquina lo toma como de 33gb mientras k el HD es de 40gb y lo toma de 40gb con el overlay que carga antes.
2) Cuando instale el Lilo supongo que me va a sobreescribir el overlay que me aparece para que el HD sea de 40gb por consiguiente no voy a poder usar ni el Win ni el Linux? Porque la cosa es que yo queria usar Linux y Windows en la misma PC con el mismo HD o en un HD de 4.3 el linux pero es chico asique lo voy a poner en el de 40..

Si alguien sabe algo y me quiere ayudar, postee nomas.
Gracias, salu2.