Voy a contestar en el mismo orden:
-Nunca. Nunca le pasa nada, no te preocupes.
-Ninguno. No hay virus para Linux.
-Nunca. El sistema no se "ensucia".
-Para esto ultimo es que te habia pedido que pongas a /home en una particion aparte. En el caso (remoto) de que le pase algo a tu Linux y no te quede otra opcion mas que reinstalar (o en el caso que quieras cambiar de distribucion, por ejemplo); lo que formateas es solo la particion / que es la particion en donde se instala el sistema operativo. Despues tooodas las configuraciones, documentos, etc que sean tuyos se van a guardar en tu /home
Saludos!!