Linux en un disco rigido externo

hola gente!
yo tenia windows vista instalado en la compu, y cuando me compre un disco rigido externo via usb decidi instalarle el ubuntu (en la particion externa) de forma de transportar el sistema operativo en el disco y sin modificar las unidades internas. Lo instale dentro de windows por lo que cuando prendia la compu esta me daba a elegir que sistema arrancar, si el disco estaba conectado entraba al linux y si estaba desconectado tiraba error de modificacion de hardware/software. Ayer despues de reinstalarlo la resetie varias veces y andubo bien, hasta que la apago y al volver a encenderla no me reconocia mas el linux tirandome el error de hardware/software modificado como si no lo reconociera (estando el disco externo conectado).
Espero a ver si alguien me tiene una solucion pero espero q no sea reinstalar porque ya lo hice como 2 veces jjejeje..

Cómo lo instalaste DENTRO de windows?

Es instalar el linux desde windows en vez de bootear directamente el cd. Esto es bueno cuando queres tener varios sistemas operativos. Te crea una carpeta con el ubuntu en la unidad seleccionada y cuando termina se reinicia te da a elegir el sistema que queres ejecutar y al abrir ubuntu se lanza el proceso de fin de instalacion directamente de la carpeta de archivos creada con el asistente de windows.

Acabo de encontrar esto para que se den una idea de como lo hice:
http://www.maximopc.org/articulos/ub...dy-heron-.html