los permisos de Debian 5

Lo mejor es instalar virtualbox (un emulador) y ahí haces una instalación de debian y realizas todas las pruebas que quieras

le hace falta un procesador con varios nucleos para correr la maquina virtual en uno de ellos? Estoy en una PIII-750 con 1 giga. Probe un emulador para instalar win2000 y andaba muy lento. Andaba bien, pero como al 10% de la velocidad nativa...

Se complica un poco lo de las máquinas virtuales en una computadora como una Pentium 3, tardarían mucho en bootear.

Igualmente, entendiendo qué directorios son de sistema y modificando archivos de sistema como archivos de configuración con conocimiento de los cambios que se están haciendo (y ante la duda haciendo un backup de esos archivos) no debería haber riesgo de destruir al sistema.

Al tener unix una filosofía "granular" ("hacer una cosa y hacerla bien") los cambios que se pueden hacer si bien pueden tener consecuencias graves se pueden revertir con relativa facilidad.

Se pueden usar máquinas virtuales para hacer pruebas (y se usan), pero en tu caso no veo un beneficio.

Con el tema de los permisos de root, creo que hay que seguir el uso típico que se le da a cada distribución. Yo uso ubuntu que tiene mucho soporte para realizar tareas de administración en forma gráfica, y antes de que se abra el programa pregunta por la contraseña de usuario para tener privilegios de root. Si debian no ofrece estas facilidades es porque se espera que sus usuarios usen un terminal para realizar tareas que necesiten privilegios de root, y eso es lo que hay que hacer.

Para hacer réplicas del sistema hay varias posibilidades, algunas son: haciendo una copia del disco con dd, partimage o partclone. Otra opción es creando una copia de los directorios con tar usando la opción exclude para excluir algunos directorios innecesarios. Y todo esto se puede comprimir o copiar a través de la red.

Espero haber aportado.