NTFS vs EXT3

Buenas, tengo una duda existencial.
En un disco domestico de 500 Gb tengo algunas particiones de 100 Gb destinadas a cosas especificas formateadas en NTFS (historicamente fui usuario de windows). Empeze a tener un poblema con una de ellas, y Debian me mandaba a que haga el checkdisk con windows (como si lo tuviera asi de facil disponible...) porque, obviamente, si el problema lo genera algo de Windows, que lo arregle Windows.
A todo esto, ya tengo Wine corriendo lo que me interesa y una maquina virtual que bootea Win2000 y que se comunica con Debian por una seudo-red hecha en la misma maquina, o sea, un desparramo. No necesito mas bootear Windows por separado.

Estoy pergeniando hacer un backup de ese disco, y empezar desde cero y sacarme de encima el NTFS. Ven alguna desventaja demasiado extrema en tener todo centrado en Debian y EXT3? Me refiero en cuanto a robustez y capacidad de resolver quilombos (archivos que de repente no tiene mas final, o directorios recursivos infintos). Cual sistema de archivos es mas seguro y/o mas facil de reparar?

Ademas, cuando instalo Debian me ofrecen varios file systems y no se bien que ventajas y desventajas podrian tener. Para algunas cosas, prefiero que los directorios sean de solo lectura, para otros no. Generalmente tomo la opcion por default, que suele ser ext3.