Desaparece espacio en mi disco.

Tengo un disco de 40 Gb con boludeces dentro pero observe cuando intete pasar un archivo de 4Gb que no tenia espacio suficiente. (la particion es NTFS)
Solo tengo una carpeta en la raiz del disco asi que hice click con el secundario, luego propiedades y la carpeta ocupaba 27Gb. Osea que me faltan 11Gb. y solo tenia libre 2Gb.
Me parecio muy raro asi que desabilite la recuperacion de windows y solo libero 500 megas despues de reiniciar.
Fui al explorador y puse ver todos los archivos aun ocultos y del sistemas y ahi observe que habia archivos de 2.5 Gb y parecidos pero aun me faltaban 7 Gb que nunca pude encontrar.
Asi que respalde la info y le pase un Formateo completo. y ahi si me quedo de 40Gb (casi).
Lo que no me quedo claro es por que me falta esa capacidad. En ese disco estoy todo el tiempo pasando archivos y sacando. los uso para llevar cosas a casa de amigos (y traerme tambien jeje).
Lo que sospecho es que cuando borro los archivos deben de quedar por ahi, (aunque la mayoria de las vceces mantengo presionado la tecla Shift para que se elimine y no valla a la papelera de reciclaje)
Existira alguna forma de limpiar el disco sin tener que formatear?
Gracias