Carpeta con muchos archivos - latencia

Hola, quería consultar sobre un problema que estamos teniendo y que va a empeorar.
Tenemos un servidor Soft: Windows Server standard 2003 64 Bits R2 SP2 actualizado.
Hard: Dell PowerEdge 2950 (4gb ram, y 3 discos Sas 15k en raid 5)
El tema es que en varias carpetas estamos insertando archivos pdf.
El tamaño de cada archivo pdf varía desde 40 kb a 120 kb en promedio. (son chicos)
El problema es la Cantidad. En una de estas carpetas por ejemplo
tenemos 57.000 archivos, y cada vez que se accede a ella por el explorer de
windows se nota una tardanza, imaginenese cuando se debe ordenar los archivos
por algún criterio ej: 'Fecha de Modificacion'...etc.
Ahora súmenle acceder por red mapeando o vía \\server.
Ya se nota una latencia al trabajar sobre esta carpeta.
Lo peor viene ahora...
A esa carpeta se le insertan 10.000 archivos por día y en total
se calcula que debe almacenar 1.000.000 de archivos!! (si un millón!).

El aplicativo que la utiliza busca un solo pdf y lo visualiza y eso
esta andando bien lo visualiza inmediatamente.
Pero los desarrolladores eventualmente tienen que trabajar con esta carpeta.

Alguien tiene experiencia en estos casos?
Me conviene levantar en este servidor el servicio de indexado?
Existe alguna limitación de windows sobre archivos en carpetas?
Cualquier idea me es de mucha ayuda! Gracias!!