juego con mejor historia

Tras el incidente de Zanzibar Solid Snake se retiró del servicio activo, y años más tarde es requerido para realizar una nueva misión: infiltrarse en la base de la isla de Shadow Moses en Alaska, donde algunos integrantes el grupo de élite FOXHOUND se han revelado y amenazan con usar Metal Gear Rex, un tanque bípedo capaz de lanzar una cabeza nuclear a cualquier punto del planeta. En la historia aparte de Snake sobresalen otros personajes como Liquid Snake, su hermano gemelo, Meryl Silverburgh, la sobrina del Coronel, y Hall "Otacon" Emmerich, un gran científico creador de Metal Gear Rex.El periodo de paz augurado en Metal Gear 2 no se materializa, y para el año 2005, el despliegue nuclear está de nuevo de plena actualidad. Un grupo de terroristas secuestra una instalación militar de Estados Unidos en la isla Shadow Moses, (Alaska), mientras se lleva a cabo allí una serie de ensayos con respecto a una nueva arma secreta. Es interesante ver que el grupo está liderado por los agentes renegados de Fox Hound, procedente de la antigua unidad de Solid Snake. Se toma como rehenes a importantes funcionarios del gobierno y de empresas, allí presentes para observar los ensayos. Las exigencias de los terroristas son sencillas, aunque un poco desconcertantes: si no les entregan los restos de Big Boss dentro de un plazo de veinticuatro horas, procederán al lanzamiento de una cabeza nuclear. El antiguo comandante de Fox Hound, Roy Campbell, llama de nuevo a Solid Snake para que se infiltre en la base, rescate a los rehenes y desactive la capacidad nuclear de los terroristas.
Snake queda impresionado al descubrir que el líder de esta insurgencia es Liquid Snake, un agente con el mismo código de nombre ?Snake? que él y características físicas casi idénticas. Junto a Liquid está un grupo de los mejores agentes de Fox Hound, compuesto por :

• Revolver Ocelot: Especialista en torturas. Su habilidad con el revolver lo convierte en un perfecto pistolero (de ahí su nombre). Su avanzada edad no lo perjudica en nada al momento de disparar.

• Psycho Mantis: El psíquico del equipo. Sus habilidades son la telekinesis y la telepatía esto lo hace unos de los más fuertes de Fox-Hound.

• Vulcan Raven: Un indio sioux con fuerza sobrenatural. Se llama Vulcan porque siempre lleva una gigantesca ametralladora Vulcan y Raven proviene de su habilidad para controlar a los cuervos.

• Sniper Wolf: Una mujer de origen kurdo que es excelente en el manejo del rifle de precisión y que siempre va acompañada de lobos, de ahí el nombre.

• Decoy Octopus: Es el maestro del disfraz. Cambia su contorno físico y se inyecta la sangre de quien quiere imitar para llegar a parecerse a dicha persona. Imita la voz de cualquier persona al 100%.

• Liquid Snake: Líder de grupo Fox Hound, dirige una legión de soldados Genoma, tropas cuyos genes han sido condicionados para aumentar sus atributos físicos. A la vista de esta capacidad de manipular genes, quedan claras las exigencias de los terroristas con respecto a los restos de Big Boss, el ?soldado legendario?.

Snake viola con éxito la seguridad de la base y encuentra a los rehenes, descubriendo que los ensayos que se llevan a cabo en la isla se realizan para un nuevo modelo de Metal Gear, apodado Rex. La misión de Snake es ahora de búsqueda y destrucción. En su búsqueda de Metal Gear Rex, se cruza con varias figuras interesantes, incluida Meryl Silverburgh, sobrina de Roy Campbell (que a la postre termina siendo su hija) y soldado sin experiencia, y Hall ?Otacon? Emmerich, el científico a cargo del proyecto Metal Gear Rex. Snake y los terroristas también se ven acechados por un misterioso ninja con un exoesqueleto cibernético, que después resulta ser Gray Fox, al que se creía anteriormente muerto.
Tras derrotar a todos los ex-agentes de Fox Hound (a excepción de Revolver Ocelot, que escapa tras perder su mano derecha con el Ninja), Snake destruye a Rex. Entonces, Liquid Snake se enfrenta a él, revelando el terrible secreto sobre el linaje al que ambos pertenecen. Ambos son experimentos genéticos, producto del proyecto Les Enfants Terribles (?Los niños terribles?), diseñados por científicos a partir del material genético del soldado perfecto, Big Boss. A pesar de sus impulsos morales para no hacerlo, Solid Snake existe únicamente para luchar. Tras una escapada al límite y la supuesta muerte de Liquid, Snake y Meryl/Otacon(dependiendo del juego) cabalgan una vez más hacia la puesta de sol.
Tras los créditos finales, el jugador recibe la sorpresa de una breve transmisión del fugitivo Revolver Ocelot para el presidente de Estados Unidos (de todas las personas). Queda claro que Ocelot ha sido un doble agente todo el tiempo. Más impresionante es que Solidus, el Presidente, es un tercer producto del proyecto Les Enfants Terribles.

Comenzando el juego ya muertos (cosa rara, ¿no?), somos un vendedor de paquetes de viajes del Departamento de Muerte (jaja) que debe cumplir 4 años de trabajo a causa de sus actos cuando estaba en vida (creo que este es un misterio que nunca se desvela). Debemos conseguir clientes y venderles un viaje al noveno infierno (el lugar de descanso definitivo). La trama comienza a tomar color cuando todos nuestros clientes raramente estan totalmente secos! (de money) mientras que nuestro colega de ventas obtiene siempre los mejores clientes. No hay que obviar, además, su buena relación con el jefe del departamento, mientras que a nosotros no nos da ni la hora.
Así comienza una serie de mafias y acomodos que desencadenarán una serie de sucesos que hasta cobrará "vidas" (literalmente estan todos muertos ).