Consulta sobre registro de software

Hola, les cuento que estoy en una situacion bastante delicada con respecto a un tema y no quiero meter la pata, el tema es asi, hace 4 años trabajo (facturando como monotributista) para una empresa de software (es la unica con la que trabajo) de la que ademas soy socio minoritario (5%) la realidad es que el tema de la sociedad es practicamente una cuestion de papeles , simplemente eso. A nivel remunerativo no estoy conforme. Y la empresa gira en torno a mi desmpeño laboral ya que soy la unica persona que atiende a los clientes. Les comento que el soft que se comercializa (alquila) lo desarrolle integramente yo, y estoy pensando en abrirme de este negocio por mi cuenta. Lo que me gustaria saber es lo siguiente:

1) en caso de querer registrar el soft a mi nombre (aclaro que nunca fue registrado) que tipo de inconvenientes podria tener...
2) en caso de modificar el soft de modo tal que no sea = al ya desarrollado y registrarlo , que inconvenientes podria traerme.
3) si uno de los clientes actuales quisiera contratarme en relacion de dependencia o como monotributista... que inconvenientes traeria tanto para el cliente como para mi

Desde ya les agradezco mucho las respuestas

Saludos