[DB] Analysis services 2000 - Como manejar relaciones "many-to-many"

Alguien sabe como manejar este tipo de relaciones (muchos a muchos) entre dimensiones y fact tables para que no genere registros de mas, procesando el cubo como MOLAP?

No se puede. Si vos hacés una dimensión en donde tenés una tabla intermedia para relacionar dos tablas que son N-N te va generar más registros de los que ya hay, y ni hablar si le agregás "Drill Trhough".
Lo que podés hacer es hacer un cubo a parte donde muestres la distribución de los miembros de una tabla sobre la otra.
Sino, vas a tener que usar una medida que sea "Distinct Count" para reflejar el total real, aunque la sumatoria de los miembros te de un valor mayor.

Este escenario ya esta contemplado en las versiones beta del AS2005.

http://www.sqlserveranalysisservices.com/default.htm

Saludos