[JAVA] java, linux y c

Para un programa en Java (utilizo Debian Linux y Eclipse) debo usar una API JMatlink para conectar Java con Matlab. El tema es que cuando me bajo la API me encuentro con que debo construir un archivo libJMatlink.so con los archivos JMatlink.h y JMatlink.c. Lo hago con el siguiente makefile:

CC = gcc
LD = ld

# MATLAB
MATLAB = /opt/matlab7
MLIB = -L$(MATLAB)/bin/glnx86
MINCLUDE = -I$(MATLAB)/extern/include

# JAVA
JAVA = /opt/jdk1.5.0_05
JINCLUDE = -I$(JAVA)/include -I$(JAVA)/include/linux

libJMatlink.so : JMatLink.o
$(LD) -G $(MLIB) -leng -lmx -o libJMatLink.so JMatLink.o
\rm JMatLink.o

JMatLink.o : JMatLink.c JMatLink.h
$(CC) -c -shared $(JINCLUDE) $(MINCLUDE) JMatLink.c

De esta manera genero exitosamente la librería libJMatlink.so. El tema es que no se donde debo copiar este archivo .so como para poder usar la API. Cuando desde Eclipse, importando las clases necesarias a mi proyecto, quiero utilizar la API, me sale el siguiente error:

ERROR: Could not load the JMatLink library

Linux: Check if <matlab>/extern/lib/glnx86 (libeng.so, libmat.so, etc.)
and <matlab>/sys/os/glnx86 (libstdc++-libc6.1-2.so.3) are in your path.

(you can also copy missing libraries to your local path).

**** Find important information below ****
OS Name = Linux
Libpathnames = /opt/jdk1.5.0_05/jre/lib/i386/client:/opt/jdk1.5.0_05/jre/lib/i386:/opt/jdk1.5.0_05/jre/../lib/i386
Classpathnames = null
os dependant lib file name = libJMatLink.so

Alguien me puede decir en aproximadamente en que le puedo estar errando, sobre todo que es lo que debo hacer con la librería libJMatlink.so, si debo copiarla a algun directorio en particular o si debo importarla a mi proyecto java, y en tal caso, como.
Gracias.