me gustan mucho el mysql administrator y el mysql query browser, ambos, programas "frontend" oficiales de mysql para actividades administrativas y generar consultas... Después para generar DERs me gusta mucho el DBDesigner de Fabforce.
El administrator y el query browser los bajás del site oficial de mysql,
www.mysql.org
El doc
PD: Este tipo de consultas van en los foros DE RECURSOS (por el momento, en los de programación, pero posiblemente tb haya un subforo de recursos en bases de datos), ya que como bien suponés, no es soft que le interese "a la mayoría de los users", sino más bien a los desarrolladores de soft, DBAs y gente relacionada a los sistemas.