Web Integrada ActiveDirectory

No me manejo mucho con la tecnología de Microsoft, pero debería ser así:
Te vas al IIS, a las propiedades del directorio virtual. Después en la solapa de Seguridad de directorios, hacés click en el botón que dice Modificar (en Control de autenticación y acceso anónimo) y ahí dejás destildado el acceso anónimo y tildás el Integrado a Windows..

Mucho más no te puedo ayudar.. Espero que sirva...

Saludos

no se si entendí bien, si lo que necesitás es a nivel programación, o a que le llamás integración.
En mi caso, uso PHP y el soporte de LDAP para conectarme a cualquier sistema de directorios (active directory, openldap, etc) y usarlo como autenticación. Pero eso sería a nivel desarrollo, sin necesidad de tocar el servidor. Tambien depende del lenguaje de programacion.